Onderzoekers van meerdere onderzoeksgroepen wereldwijd bedenken in de structurele variatie werkgroep van project MinE de slimste oplossingen voor genetisch onderzoek. 

Over de enkele basepaar verwisselingen in het DNA wordt vaak gerapporteerd, bekende voorbeelden met betrekking tot ALS zijn varianten in SOD1, NEK1, C21orf2 etc. Naast enkele basepaar mutatie bestaat er ook structurele variatie in het DNA, bijvoorbeeld in het met ALS geassocieerde gen C9orf72. Hier treedt een repeat-expansie op, 6 baseparen die vele malen worden herhaald. Zo’n repeat expansie is een vorm van structurele variatie (SV). Het onderzoek naar structurele variatie in het DNA gaat grofweg over de situaties waarin er meerdere baseparen achter elkaar gemuteerd zijn. Om de structurele variatie in het DNA van patienten en controles te onderzoeken is de Project MinE SV-werkgroep opgericht. In deze SV-werkgroep zijn veel internationale experts op het gebied van bioinformatica en SVs samengebracht om de rol van structurele variatie bij ALS te onderzoeken.

Met de SV-werkgroep zijn we al ruim een jaar bezig om een bioinformatische ‘pipeline’ te maken waarmee we in de data die Project MinE geneert SVs te kunnen identificeren. De pipeline die we het afgelopen jaar gemaakt hebben lijkt uitstekend te werken. Dankzij het gebruik van de supercomputer (SurfSara GRID) is het mogelijk dit soort onderzoek te doen, desondanks gaat het nog een tijdje duren voordat we de SVs geidentificeerd hebben in de ondertussen meer dan 7.200 DNA profielen! Het is echter wel tijd om na te gaan denken over de volgende stap; de kwaliteitscontrole van de geidentificeerde SVs. Welke SVs zijn betrouwbaar en welke niet?

Omdat de experts van heinde en verre komen bespreken we normaliter de voortgang van het project via een wekelijkse video-call. Om de volgende stap in de SV-analyse efficiënt te kunnen zetten hebben we maandag 8 januari een SV Hackathon georganiseerd in Utrecht. Een hele succesvolle bijeenkomst waar we concrete stappen hebben gemaakt om de SVs verder te analyseren! Deze stappen zijn niet alleen belangrijk voor Project MinE, de SV-werkgroep is er op gebrand om een pipeline te maken die de reproduceerbaarheid van de analyses voorop stelt. Alle bron-code van de pipeline zal publiek beschikbaar worden gemaakt.

Welke rol structurele variatie heeft in ALS is nog niet volledig opgehelderd, maar dankzij grootschalige initiatieven zoals deze kunnen we een fantastische stap voorwaarts zetten!