Wellicht is het opgevallen dat Project MinE twee keer zoveel DNA profielen van patiënten in kaart wil brengen in vergelijking met controles. Waarom is dat eigenlijk zo? Arts-onderzoeker Rick van der Spek licht toe waarom dit zo is en hoe project MinE dit gaat aanpakken. 

Bij de start van Project MinE is geanticipeerd op het beschikbaar komen van DNA-profielen van controles via andere onderzoeksinitiatieven. Deze ‘externe’ controle data kan dan gebruikt worden om de waarschijnlijkheid op het vinden van nieuwe ALS geassocieerde gene te vergroten, zonder dat dit veel extra funding vraagt. Tot op heden is er binnen Project MinE data beschikbaar van >7.200 DNA profielen (en er zijn in totaal meer dan 10.000 gefinancierd!!).

Samen met het familiaire-ALS (FALS) consortium in de Verenigde Staten gaat Project MinE nu een mega-analyse uitvoeren. Deze mega-analyse zal zowel data bevatten van het FALS-consortium, als van Project MinE met daar bovenop nog bijna 20.000 profielen van externe controles!

Maar wellicht vraagt u zich af, waarom hebben we nog méér data nodig?

Het antwoord daarop is eigenlijk vrij simpel: Als een bepaalde mutatie vaak voorkomt en een groot effect heeft op ALS, dan is het logisch die mutatie te vinden in een dataset met relatief weinig patiënten en controles. Dit type mutaties zijn al geïdentificeerd. Desondanks kunnen we op basis van genetica nog niet helemaal verklaren waarom sommige mensen wel en andere mensen geen ALS ontwikkelen, of waarom de progressie bij de een veel sneller gaat dan bij de ander. Dit terwijl we op basis van tweeling studies weten dat genetica een hele belangrijke rol speelt. We moeten op zoek gaan naar de genetische varianten die per variant minder vaak voorkomt en wellicht een kleiner effect heeft, maar die gezamenlijk een grote rol spelen bij het ontstaan van ALS. Dit type varianten vereist een hele grote dataset om een associatie met ALS betrouwbaar aan te tonen. Het betrouwbaar aantonen van associatie is cruciaal omdat vervolg onderzoek naar geassocieerde genen erg duur en tijdrovend is. De kennis om associaties betrouwbaar aan te tonen is er. En door middel van goede samenwerkingsverbanden tussen internationale consortia de data straks ook!

Terug naar de mega-analyse. De focus zal liggen op de eiwit-coderende delen van het DNA, de genen. We zijn op het moment bezig om de tera-bytes aan data allemaal op 1 supercomputer te krijgen om de gezamenlijke analyses uit te voeren. Deze mega-analyse is een grootschalig project dat ons weer een stap verder zal laten zetten in het ontrafelen van de genetische basis van ALS!