Het volledig aflezen van DNA-profielen (sequencing) van ALS-patiënten en gezonde controlepersonen voor Project MinE verloopt voorspoedig. De afgelopen maanden zijn meer dan 2.500 DNA-profielen gesequenced door onze partner Illumina in de Verenigde Staten. Deze data is via een directe dataverbinding naar Nederland verstuurd en op de SURFsara supercomputer opgeslagen. In totaal heeft Project MinE nu data van meer dan 4.500 DNA-profielen beschikbaar voor analyses.

Bij Illumina in San Diego worden de DNA-profielen in hun geheel afgelezen, dit heet whole genome sequencing. De ruwe data gaat via een snelle beveiligde dataverbinding snel en veilig de oceaan over en komt rechtstreeks aan bij de SURFsara supercomputer waarop de data wordt opgeslagen. De Project MinE onderzoekers van alle betrokken landen kunnen op de supercomputer van SURFsara inloggen om de data van de DNA-profielen te verwerken en te analyseren. Voor het analyseren van deze grote hoeveelheden data is namelijk extreem veel rekenkracht nodig, veel meer dan een gewone computer beschikbaar heeft. Met een gewone computer zou het zo’n 600 jaar duren om analyses op deze hoeveelheid data te draaien.

Ons doel is om de genetische oorzaak van ALS te vinden.

De onderzoekers hebben nu de data beschikbaar van meer dan 4.500 DNA-profielen. Zij vergelijken het DNA van ALS-patiënten met dat van de controlepersonen. Met deze analyses willen de onderzoekers de genetische variaties vinden die ALS veroorzaken. De hoeveelheid DNA-profielen is zeker nog niet compleet. Veel landen zullen hier nog aan bijdragen. Het doel is het DNA van minstens 15.000 ALS-patiënten en 7.500 controlepersonen te analyseren. ALS Stichtingen wereldwijd, van de Verenigde Staten tot Australië, organiseren campagnes om de nog benodigde fondsen te werven.

Project MinE. Make it yours!